Латинские префиксы могут передавать широкий спектр значений: пространственное, временное, оценочное, отрицательное, целевое и другие. Однако можно выделить только четыре главных типа значения — пространственное, временное, оценочное и отрицательное.

Выражению пространственных значений служат большинство префиксов (28 из 35), что объясняется прагматической значимостью точного указания на местонахождение органа или других структурных элементов. Среди пространственных префиксов больше всего локативных, обозначающих местоположение: ante-, extra-, infra-, inter-, post-, sub-, super-, supra- и направительных, обозначающих направление действия или процесса: ab-, ad-, de-, ex-, ob-, er-, per-, re-, se-. Например, extraarticularis («внесуставной»), intercostalis («межреберный»).

Для выражения временных значений служат шесть префиксов: ambi-, ante-, inter-, intra-, post-, prae-. Все пространственные значения, входящие в гамму обозначений «до чего-нибудь», служат выражению временных значений предшествования (ante-, prae-); значения маркирующие местоположение «после чего-либо», — значений следования потом, после (post-). Например, praenatalis («предродовой»), postmortalis («посмертный»).

С пространственными значениями связаны также оценочные, выражению которых служат пять прeфиксов: ab-, per-, sub-, super-, ultra-. Например, subfunctio («пониженная функция»), peraciditas («повышенная кислотность»).

Выражению отрицательных значений служат шесть префиксов: однозначные des-, in-, non- и пространственные de-, dis-, ex-, отрицательное значение которых выводится из значения лишения, отсутствия. Например, dispar («непарный»), desinfectio («обеззараживание»).

Что же касается греческих префиксов, то среди них выделяются те же семантические группы, что и среди латинских префиксов. Главной чертой функционирования греческих префиксов в современной медицинской терминологии является почти полное дублирование значений латинских префиксов.

Таким образом, в терминологической системе возможно синонимичное и даже дублетное обозначение одних и тех же денотатов: abscessus и apostema («нарыв, гнойник»), retrogressio и catagenesis («обратное развитие тканей, органов»).